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原子力显微镜是基于扫描隧道显微镜的基本原理开发的扫描探针显微镜。原子力显微镜可以检测许多样品，并提供表面研究和生产控制或工艺开发的数据，这是传统扫描表面粗糙度和电子显微镜所不具备的。
扫描电子显微镜主要采用二次电子信号成像来观察样品的表面形貌，即用非常窄的电子束扫描样品，电子束与样品的相互作用产生各种效应，主要是次要的样本电子发射。
二次电子能够产生样品表面的放大图像。当扫描样本时，以时间序列创建该图像，即，使用逐点成像获得放大的图像。那两者有什么优缺点呢？
一、优点
与扫描电子显微镜相比，原子力显微镜具有许多优点。与仅提供二维图像的电子显微镜不同，原子力显微镜提供真实的三维表面图。同时，AFM不需要对样品进行任何特殊处理，例如铜或碳，这会对样品造成不可逆的损害。
电子显微镜需要在高真空条件下操作，即使在液体环境中，原子力显微镜也能在常压下很好地工作。这可用于研究生物大分子，甚至是活的生物组织。
二、缺点
与扫描电子显微镜（SEM）相比，原子力显微镜的缺点是成像范围太小，速度慢，并且受探针影响太大。原子力显微镜是扫描隧道显微镜后开发的一种新型原子级高分辨率仪器。
它可以检测纳米材料在大气和液体环境中的各种材料和样品的物理性质，包括形态，或直接操纵;现在广泛应用于半导体，纳米功能材料，生物，化学，食品，医学研究和研究机构等各种纳米相关学科的研究等领域，成为纳米科学研究的基础工具。
与扫描电子显微镜相比，原子力显微镜具有更广泛的适用性，因为它可以观察到非导电样品。目前广泛用于科学研究和工业的扫描力显微镜基于原子力显微镜。
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