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传统的光学显微镜使用场源。样品上每个点的图像受到来自相邻点的衍射或散射光的干扰。激光激光共聚焦显微镜使用激光束照射针孔，以形成样品焦平面中每个点的点源。
扫描时，样品上的被照射点在探针针孔处成像，探针针孔后的点状倍增管（PMT）或冷耦合装置（cCCD）逐点或逐行接收，在计算机监视器屏幕上快速接收在其上形成荧光图像。
照明针孔和检测针孔相对于物镜的焦平面共轭焦平面上的点同时聚焦在照明针孔和发射针孔上，焦平面外的点不在由此获得的探针针孔共焦图像是样品的光学截面，克服了普通显微镜图像模糊的缺点。
激光共聚焦显微镜是一套以激光为光源的观察，分析和输出系统，在传统光学显微镜的基础上采用共轭聚焦原理和装置，并利用计算机对观察进行数字图像处理。
使用紫外或可见光激发荧光探针，将光学成像的分辨率提高30％至40％，从而获得细胞或组织内的精细结构的荧光图像，并观察亚细胞水平的生理信号和细胞形态的变化。在形态学，分子生物学，神经科学，药理学，遗传学等领域的新一代研究工具。
激光共聚焦显微镜自成立以来得到了大大的发展，扫描方法从至初的狭缝扫描方法（更快的扫描速度，低图像分辨率），到逐步扫描技术（改进的图像分辨率，样品制备要求太高）。
再到驱动器光束扫描仪（扫描速度更快，符合共焦原理）。此外，目前激光共聚焦显微镜的光源设计和光谱采集技术也有了很大的提高，主要集中在以下几个方面。
现代激光共聚焦显微镜可根据研究需要选择不同的激光。选择激光光源时，一方面须满足研究工作的波长要求，另一方面应考虑激光光源的寿命。
至新一代激光共聚焦显微镜可采用棱镜切缝技术，配以合适的激光光源，可以摆脱传统波长滤光片组的局限，连续自由选择至佳波长。
激光共聚焦显微镜中使用的物镜也得到了很大的改进，不仅具有平场复消色差特性，而且可以匹配高速扫描功能。
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