激光共聚焦显微镜系统主要包括扫描模块，激光光源，荧光显微镜，数字信号处理器，计算机和图像输出装置。

一、扫描模块

激光共聚焦显微镜中的扫描模块主要由针孔光阑（控制光学片的厚度），分束器（根据波长改变光传播方向），荧光分色器（选择特定波长范围的光）和检测器（光电倍增管）组成。

荧光样品中的混合荧光进入扫描仪，经检测针孔光阑，分束器和分色器选择后，将其分为单个单色荧光，分别在不同的荧光通道中检测并形成相应的共焦图像。同时，可以在计算机屏幕上显示几个平行的单色荧光图像及其合成图像。

二、荧光显微镜系统

显微镜是激光共聚焦显微镜的主要组成部分，它与系统的成像质量有关。具有无限远光学系统的显微镜光学路径便于将光学选项插入其中，而不会影响成像质量和测量精度。

物镜应为大数值孔径平场复消色差物镜，有利于荧光的清晰采集和成像。物镜组的转换，滤色器组的选择，载物台的运动调节以及焦平面的记忆锁定应由计算机自动控制。

激光共聚焦显微镜中使用的荧光显微镜通常与传统的荧光显微镜相同，但它有其特点：需要与扫描仪连接，以便激光可以进入显微镜物镜照亮样品，样品发出的荧光到达检测器;转换装置，即汞灯和激光转换，以及水银灯线的强度是可调节的。

三、常用激光器

激光共聚焦显微镜使用激光源，如单激光和多激光系统。常用的激光器包括半导体激光器、氩离子激光、氦氖激光和紫外激光。

四、辅助设备

风冷，水冷式冷却系统和稳压电源。激光共聚焦显微镜的基本工作原理是首先从激光器发射一定波长的激发光。在光被放大之后，通过扫描仪中的照明针孔形成光源，并且物镜聚焦在样品的焦平面上。

由相应的照射点发射的荧光被激发，通过检测孔，到达检测器，并在计算机监视器屏幕上成像。因此，焦平面上的样本的每个点的荧光图像构成称为光切片的完整共焦图像。

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