激光共聚焦显微镜可以确定各种样品。包括生物材料，组织（切片），细胞（亚细胞）结构等。样品中的荧光源主要如下：自发荧光，荧光染色，免疫荧光，荧光蛋白，诱导荧光和酶荧光。

大多数这些荧光素的激发和发射波长可以在仪器自己的软件的染料信息库中找到。观察程序和仪器操作根据实验要求制备样品后。你可以观察它，基本步骤如下。

打开仪器电源和光源：一般打开显微镜和激光，然后启动计算机，然后启动操作软件，设置荧光样品的激发光波长，并选择相应的滤光块。

为了使光电倍增管（PMT）探测器获得足够的信号结果。使用汞灯的注意事项与普通荧光显微镜相同。设置相应的扫描方式：在可视模式下。

调整所用物镜的放大倍数，在荧光显微镜下找到待检测的细胞。切换到扫描模式并调整双孔针和激光强度参数以获得清晰的共焦图像。

获取图像：选择合适的图像分辨率，完成样本扫描后，保存图像结果。关闭仪器：仪器测完样品后，关闭激光部件，计算机可以继续进行图像和数据处理。

退出整个激光共聚焦显微镜系统。然后，在激光关闭后，等待它冷却至少10分钟，然后再关闭计算机和主开关。

获得三维图像激光共聚焦显微镜具有细胞“CT”功能，因此它可以获得一系列光学切片图像而不会损坏细胞。可以使用“Z-Stack”模式实现此功能。

打开“Z-Stack”选项，确定光学切片的位置和层数。启动“开始”以获取3D图像。获取时间序列图像共焦显微镜的“时间序列”功能在实验者指定的时间内以设定的时间间隔自动获取图像。

只需设置所需的时间间隔和所需的图像数量，然后打开“Start T”功能键进行实验。 “时间序列”功能大大降低了实验者的劳动强度，对荧光漂白剂回收和钙离子成像等实验非常有用。

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