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电子显微镜（又称电子显微镜），经过50多年的发展，英文名称Electron Microscope（EM）已成为现代科学和技术中必不可少的工具。电子显微镜由镜筒，真空装置和电源柜组成。
一、光源不同
电子显微镜中使用的照明源是电子枪发射的电子流，光学显微镜的照明源是可见光（日光或光）。由于电子流的波长比光波的波长短得多，因此电子显微镜的放大率和分辨率明显高于光显微镜的放大率和分辨率。
二、镜头不同
在电子显微镜中放大的物镜是电磁透镜（能够在部分产生磁场的圆形电磁线圈），光学显微镜的物镜是由玻璃制成的光学透镜。电子显微镜中有三组电磁透镜，等效于聚光镜，物镜和目镜的功能。
三、成像原理不同
在电子显微镜中，作用在待检查样品上的电子束被电磁透镜放大，然后在荧光屏上成像或施加到胶卷上。电子暗度差异的机理是，当电子束作用在待测样品上时，入射电子与物质的原子碰撞而产生散射。
由于样品的不同部分对电子的散射程度不同，因此样品的电子图像以阴影显示。光学显微镜中样品的图像由亮度差异表示，该亮度差异是由被检查样品的不同结构吸收的光量差异引起的。
四、分辨率
由于光的干涉和衍射，光学显微镜只能限于02-05um。因为电子显微镜使用电子束作为光源，所以分辨率可以达到1-3 nm。因此，光学显微镜的观察是微米级的分析，电子显微镜的观察是纳米级的分析。
五、景深
通常，光学显微镜的景深在2-3微米之间，因此样品的表面光滑度很高，因此制备过程相对复杂。 SEM的高度可以达到几毫米，因此不需要样品表面几何形状的光滑度。
样品制备相对简单，并且不需要对某些样品几何形状进行采样。尽管体视显微镜具有较大的景深，但其分辨率非常低。放大倍率：光学显微镜的有效放大倍率为1000倍。电子显微镜有效放大倍数。
六、所用的制备方法不同
由于电子显微镜观察的组织细胞标本的制备过程复杂，技术难度大，成本高，在材料获取，固定，脱水和包埋的步骤中需要特殊的试剂和操作。需要放置嵌入的组织块。
将超薄切片机切成50-100 nm厚度的超薄样品。通过光学显微镜观察的标本通常放置在载玻片上，例如普通组织切片标本，细胞涂片标本，组织沉淀标本和细胞液滴标本高达1000,000X。
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